El éxito de su aplicación requiere mayores conocimientos de la biología de los organismos implicados (tanto del agente causante del daño como de sus enemigos naturales).

Con máquinas lavadoras sanitarias (máquinas termodesinfectadoras), que utilizan presión de agua a temperaturas entre 60 °C y 90 °C durante 15 a 20 min. Este método aúna la desinfección térmica con la limpieza mecánica. Se puede asociar un detergente neutro o enzimático. Ofrece un alto nivel de seguridad para el paciente, el estomatólogo y el personal auxiliar. Inactiva tanto al VIH como al VHV.

La mayoría de los enemigos naturales suelen actuar sobre una o unas pocas especies, es decir son altamente selectivos. Esto puede resultar una ventaja (como se comentará a continuación) pero en ocasiones supone una desventaja al incrementar la complejidad y los costes derivados de la necesidad de utilizar distintos programas de control.

Inmersión en agua en ebullición por 30 min. Es un método físico de desinfección que garantiza la inactivación de la mayor parte de los agentes patógenos.